Dès lors qu'ils remplissent des missions confiées à la junior entreprise avec laquelle ils ont souscrit une convention, ils continuent à bénéficier, en principe, de la protection sociale étudiante. Ces " juniors entrepreneurs " ne sont donc pas considérés comme des salariés, au regard de l'assurance chômage et du droit du travail. De même, ils ne sont pas assujettis à la TVA ou la taxe professionnelle.

Les rémunérations perçues par les étudiants dans le cadre d'une junior entreprise sont soumises à des cotisations sociales, comme des salaires. Le calcul se fait sur une base forfaitaire égale à 4 fois le SMIC horaire en vigueur ( actuellement : 9,19 €), par journée d'étude.

Ces rémunérations sont considérées comme des honoraires. Ces sommes relèvent toutefois de la CSG et de la CRDS.